Un gruppo di ricercatori internazionali indipendenti ha pubblicato la sua analisi completa dei dati metagenomici recentemente scoperti raccolti dai Centri cinesi per il controllo e la prevenzione delle malattie a gennaio e febbraio 2020.
I dati collegano strettamente SARS-CoV-2 alle tracce genetiche di animali selvatici, in particolare i cani procione venduti al mercato ittico all’ingrosso di Huanan a Wuhan, in Cina, il primo epicentro della pandemia di COVID-19, afferma l’analisi del gruppo.
Dati oscuri
Da allora i ricercatori del China CDC hanno indicato ai ricercatori internazionali e all’OMS che intendono condividere i dati, che supportano un manoscritto scientifico attualmente in fase di revisione tra pari presso una rivista scientifica. Ma i ricercatori internazionali notano che non esiste una tempistica per il rilascio dei dati o dei piani dichiarati se il loro manoscritto non viene accettato per la pubblicazione.
Durante la pandemia, gli sforzi per indagare sulle origini della SARS-CoV-2 sono stati vanificati dall’ostruzionismo dalla Cina, che sostiene un’ipotesi non supportata che il virus abbia avuto origine al di fuori dei suoi confini.
Nelle osservazioni introduttive all’analisi appena rilasciata, i ricercatori sostengono che, mentre stanno onorando i termini di utilizzo di GISAID , è da tempo che questi dati siano disponibili al pubblico e alla comunità scientifica. Hanno invitato sia GISAID che i colleghi in Cina a renderlo disponibile.
“I termini di utilizzo di GISAID non precludono la discussione pubblica dei dati fintanto che i generatori di dati sono riconosciuti e sono stati fatti i migliori sforzi per collaborare con i contributori”, hanno scritto in difesa del rilascio della loro analisi completa. “CCDC [China CDC] ha finora rifiutato di collaborare su questo. Rispettiamo il diritto dei nostri colleghi CCDC di essere i primi a pubblicare un manoscritto sui propri dati e non prevediamo di presentare un documento che possa competere con il loro manoscritto attualmente in fase di revisione .” Tuttavia, hanno sostenuto che GISAID consentendo a China CDC di rimuovere i dati genetici dalla vista del pubblico durante la revisione tra pari, il database sta essenzialmente concedendo a China CDC un embargo, che è un allontanamento dalla missione dichiarata di GISAID di superare rapidamente tali ostacoli per la condivisione di dati virologici .
“I campioni del mercato di Huanan sono stati raccolti a gennaio e febbraio 2020 e, data la loro importanza per comprendere l’origine della pandemia, riteniamo che sia trascorso un periodo di tempo irragionevole”, hanno scritto i ricercatori.
Contesto dei dati
Hanno anche sottolineato che i dati metagenomici brevemente pubblicati su GISAID non rappresentano l’intera estensione dei dati genetici in possesso del CDC cinese, che non ha condiviso con la comunità internazionale. I dati metagenomici provenienti da altri campionamenti di mercato restano da vedere pubblicamente, osservano.
I dati su cui il gruppo è stato in grado di mettere le mani finora, tuttavia, dipingono un quadro quasi completo di come è iniziata la devastante pandemia. I dati metagenomici provenivano da circa 50 file di dati, che sono elencati nell’appendice B dell’analisi, ma attualmente non sono disponibili al pubblico. I dati sono sequenze metagenomiche di alcuni dei tamponi e del campionamento delle acque reflue che il CDC cinese ha raccolto intorno al mercato di Huanan dopo che è stato chiuso il 1° gennaio 2020. Questi tamponi erano stati precedentemente segnalati; Nel febbraio 2022, i ricercatori del CDC cinese hanno pubblicato uno studio preliminare su 1.380 campioni ambientali e animali prelevati dal mercato .
Lo studio di prestampa è stato condotto da George Gao, allora direttore del China CDC. Ha indicato che i tamponi ambientali erano positivi per SARS-CoV-2 e contenevano materiale genetico umano, ma che i tamponi di animali sul mercato, inclusi principalmente conigli, gatti randagi, serpenti e ricci, erano tutti negativi. Alla luce di questi risultati, Gao e colleghi hanno concluso che gli esseri umani, non gli animali, hanno portato il virus nel grande mercato, che ha poi agito da amplificatore dell’infezione a causa del gran numero di persone che hanno visitato il mercato quotidianamente. La Cina in precedenza aveva suggerito che il virus fosse stato introdotto nel Paese su cibi surgelati importati venduti al mercato.
Tuttavia, quei dati di prestampa indicavano che i campioni positivi per SARS-CoV-2 si trovavano prevalentemente nella zona sud-occidentale del mercato, dove venivano venduti mammiferi vivi. Da allora altre indagini hanno trovato la stessa cosa, tra cui lo studio congiunto OMS-Cina e un’analisi pubblicata lo scorso luglio su Science da Worobey e colleghi. Nella figura 4 dell’articolo su Science , Worobey e i suoi coautori hanno mostrato che l’angolo sud-ovest del mercato aveva la più alta densità di campioni ambientali positivi per SARS-CoV-2 ed era anche il luogo in cui si tenevano mammiferi selvatici venduti illegalmente. Ciò include i cani procione, uno dei quali è stato fotografato nel 2014da uno degli autori dello studio, Edward Holmes, un biologo dell’Università di Sydney. Lo studio ha anche scoperto che alcuni dei primi casi umani di COVID-19 si sono raggruppati nella parte occidentale del mercato, intorno a dove erano alloggiati gli animali vivi.
Tracce genetiche
L’analisi appena rilasciata include ulteriori dati genomici di circa 50 tamponi positivi per SARS-CoV-2 prelevati dal China CDC dalle bancarelle in quell’angolo sud-occidentale, così come altrove nel mercato. Contrariamente alla prestampa di Gao e colleghi, i dati metagenomici indicano che i tamponi nella zona sud-ovest non solo erano positivi per SARS-CoV-2 e parte del materiale genetico umano, ma erano anche pieni di materiale genetico di animali selvatici, alcuni di che sono noti per essere suscettibili all’infezione da SARS-CoV-2. Questi includevano cani procione, donnole siberiane, ricci dell’Amur, ratti canuti di bambù, istrici malesi, cani, marmotte himalayane e zibetti delle palme mascherati.
La cache di dati includeva informazioni metagenomiche da sei campioni, prelevati da due bancarelle, che avevano alti livelli di materiale genetico di cane procione. È noto che i cani procione sono suscettibili alle infezioni da SARS-CoV-2 e che rilasciano alti livelli di particelle virali. In particolare, un campione, Q61, prelevato da un carrello, conteneva 1.252 frammenti genetici con un’identità del 100% rispetto al genoma del cane procione ma conteneva zero sequenze che avevano una corrispondenza così perfetta con il genoma umano. Quando i ricercatori hanno esaminato più da vicino i frammenti genetici per vedere cosa fosse codificato, hanno trovato un mix di geni che sono continuamente attivi e geni specifici del tessuto, come quelli coinvolti nella produzione di muco e nei recettori dell’olfatto. Questi risultati suggeriscono che i tamponi stavano raccogliendo escrezioni nasali di cani procione,
Tale stretta commistione di materiale genetico di animali selvatici e SARS-CoV-2 in un’area del mercato con la più alta densità di campioni positivi al virus e attorno alla quale sono stati identificati molti dei primi casi di COVID-19, costituisce un argomento convincente che si è verificato uno spillover naturale e, in particolare, si è verificato in quest’area del mercato, sostengono i ricercatori.
Nelle osservazioni conclusive della loro analisi, Worobey, Anderson, Débarre e colleghi riassumono rapidamente come questi dati si inseriscono in altri dati riguardanti l’origine della pandemia. Sottolineano ancora una volta che il mercato di Huanan è stato l’epicentro iniziale della pandemia , con la maggior parte dei primi casi che hanno un collegamento diretto con il mercato o si verificano nelle immediate vicinanze. Sebbene campioni e casi di SARS-CoV-2 siano stati trovati in tutto il mercato, la più alta concentrazione di campioni positivi si è concentrata su bancarelle con animali selvatici, molti dei quali sono noti per essere sensibili al virus. Inoltre, molti dei primi casi umani circondavano anche quest’area nella zona occidentale del mercato.
Notano anche che uno studio genetico separato pubblicato l’anno scorso su Science ha scoperto che c’erano due linee genetiche di SARS-CoV-2 nei primi giorni della pandemia: linea A e linea B. Le due linee suggeriscono che il virus si è diffuso in esseri umani in due diverse occasioni, a distanza di giorni o settimane l’una dall’altra. Entrambi i lignaggi sono stati trovati sul mercato. Gli autori dello studio, guidati da Jonathan Pekar presso l’Università della California, San Diego, hanno concluso che, sulla base di una serie di modelli, era molto probabile che il lignaggio B di SARS-CoV-2 sia entrato negli esseri umani al mercato di Huanan a metà novembre 2019 e il lignaggio A è passato agli umani nel mercato di Huanan alla fine di novembre.
Prossimi passi
È improbabile che i nuovi dati influenzino alcuni convinti sostenitori dell’ipotesi concorrente, ovvero che SARS-CoV-2 si sia fatto strada negli esseri umani attraverso una violazione della biosicurezza in un laboratorio di virologia a Wuhan, l’ipotesi della “fuga di laboratorio”. Non ci sono prove dirette per questo, e virologi, genetisti e la comunità dell’intelligence statunitense concordano ampiamente sul fatto che SARS-CoV-2 non è stato sviluppato come arma biologica né è stato geneticamente modificato . Mentre i sostenitori delle fughe di laboratorio sostengono che il mercato fosse semplicemente un sito di superdiffusione per il virus, l’esistenza di due linee genetiche iniziali di SARS-CoV-2, entrambe collegate al mercato, mette a dura prova questa ipotesi. A dire il vero, sarebbero necessari due incidenti separati per infettare gli operatori di laboratorio, che poi hanno entrambi diffuso il virus in questo specifico mercato della fauna selvatica.
Gli autori della nuova analisi sostengono che uno scenario più basato sull’evidenza è che un gruppo di mammiferi selvatici venduti illegalmente abbia introdotto il virus sul mercato alla fine del 2019, dove hanno continuamente diffuso virus infettivo, fornendo numerose opportunità al virus di adattarsi e passare agli umani nel corso di settimane o forse mesi. I dati genetici indicano che si è riversato due volte, dall’angolo sud-ovest del mercato dove venivano venduti animali vivi prima di irradiarsi fuori dal mercato. Questo è uno scenario simile allo spillover di SARS-CoV-1, che ha causato l’epidemia di SARS del 2003. Gli studi suggeriscono che si è diffuso da zibetti delle palme mascherati e potenzialmente altri animali selvatici, incluso un cane procione, in un mercato di animali selvatici come il uno a Huanan. E MERS-CoV, che causa la sindrome respiratoria del Medio Oriente (MERS),
Con i nuovi dati genetici, Worobey, Anderson, Débarre e colleghi affermano che la loro analisi può aiutare a risalire agli animali selvatici geneticamente correlati che potrebbero aver portato il virus nel mercato, anche se il tempo sta scivolando via.
“Ulteriori studi sull’origine del SARS-CoV-2 dovrebbero includere l’indagine su tutte le catene di approvvigionamento delle bancarelle identificate qui come vendita di animali selvatici in cui è stato rilevato SARS-CoV-2, nonché studi genetici sulla popolazione degli allevamenti di animali selvatici che riforniscono il mercato e di popolazioni selvatiche nelle vicinanze di Wuhan e oltre”, scrivono. “Tuttavia, poiché gli eventi in questione si sono verificati più di tre anni fa, la finestra di opportunità per queste indagini si sta chiudendo”.